Notre Histoire, celle de Ninja Ultimate V3 débute à partir du moment où la Team Taka s'allie avec l'Akatsuki dans le but de conquérir le monde et de contrôler tout les Bijuu. Les personnages mort jusque là pourront être jouable, à condition que l'histoire soit cohérente avec celle du Forum.
Shinobi de Konoha, Membre de l'Organisation criminel la plus forte au monde, Akatsuki, une bataille va avoir lieu entre ses deux camps qui s'opposeront jusqu'à la victoire total de l'un des deux camps. La menace de l'Akatsuki est de plus en plus pressante sur le Village de Konoha, car leur quête aux Bijuu est pratiquement terminer et aura pour fin, le Village de Konoha, et son Jinchuuriki, Naruto Uzumaki.
Akatsuki contrôle à présent un Village Shinobi, celui d'Ame Gakure no Sato, dirigé par un certain Pain. Mais nous ignorons encore tout de lui ... Ce Village est à présent la vrai zone de danger pour Konoha.
Enfin, un troisième Village est toujours d'actualité, le village de Kumo Gakure no Sato car Suna, Kiri et Oto ont disparut suite à l'attaque de l'Akatsuki sur ces Villages qui voulait en prendre le contrôle. Kumo, avec son Jinchuuriki d'Hachibi espère bien aidé Konoha à faire échoué les plans de l'Organisation la plus détesté au monde, allié aujourd'hui à la fameuse Team Taka ...
